Daha önce Av. Cengiz Gökçek Kadın Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesinde başhekimlik görevinde bulunan Türkçüoğlu burada hayata geçirdiği tüp bebek ünitesi ile dikkatleri üzerine çekmişti. Başhekimlik görevinin ardından bir süre de SANKO Üniversitesi'nde görev yapan Türkçüoğlu daha sonra İstanbul'da çalışmaya başlamıştı.
Prof. Dr. Ilgın Türkçüoğlu İnönü Üniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilimdalında 12 yıl öğretim üyesi olarak çalıştıktan sonra 5 yıl boyunca Gaziantep Cengiz Gökçek Kadın Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesinde Başhekimlik görevini yürütmüştür. Başhekimliği süresince Gaziantep ilinde kamuda ilk tüp bebek merkezini, pediatrik kalp merkezi, ve pediatrik palyatif bakım merkezini kurmuştur. Akademik kimliğinin yanında, Üniversitede Anabilim Dalı Başkanlığı göreviyle birlikte 9 yıl yöneticilik deneyimi olan Prof. Dr. Ilgın Türkçüoğlu Gaziantep Şehir Hastanesine Başhekim olarak atanmıştır.