2006 yılında faaliyete geçen Onkoloji Hastanesi daha sonra Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi bünyesine alındı.Onkoloji hastanesi; hizmete girdiği tarihten bu yana işleyişine devam etmektedir.
Günlük ortalama 100 poliklinik hastasının müracaat ettiği GAÜN Onkoloji Hastanesi'nde; 3 Tıbbi Onkoloji, 2 Çocuk Hematoloji, 1 Erişkin Hematoloji, 2 Radyasyon Onkoloji polikliniği hizmet vermektedir. Yatarak tedavi gören hasta sayısı 80 dir. 28 kişilik kapasiteyle hizmet veren ayaktan kemoterapi ünitemizde ise günlük ortalama 60 hasta; kemoterapi tedavisi almaktadır. GAÜN Onkoloji Hastanesi'nde 1 profesör, 1 doçent, 4 doktor öğretim üyesi, 15 asistan hekim görev yapmaktadır.
Onkoloji Hastanesi yerleşkesi, bölgeye hizmet vermesi sebebiyle yoğun hasta talebini karşılamak için kapasitesinin üstünde çalışmaktadır.
Güneydoğu Anadolu Bölgesi'ndeki ilk ve tek kemik iliği nakli merkezi olma özelliğini taşıyan Pediatrik Kemik İliği Transplantasyon Merkezinde bu zamana kadar 18 çocuğa kemik iliği nakli başarıyla gerçekleştirilmiştir.
Onkoloji Hastanesi işleyişinde hiçbir sıkıntı yaşamamakla birlikte kapasitesinin üstünde performans göstererek ve kendini gün geçtikçe yenileyerek yoluna başarıyla devam etmektedir.